Pilihan antara NIS dan NIS+ adalah mudah, gunakan NIS jika Anda tidak harus menggunakan NIS+ atau tidak terlalu membutuhkan faktor keamanan yang tinggi. NIS+ sangat sulit untuk ditangani (lebih mudah menangani sisi client, tetapi pada sisi server, sangat sulit). Masalah lainnya adalah bahwa dukungan untuk NIS+ pada Linux masih dalam pengembangan, Anda butuh glibc yang terbaru yang masih dalam taraf pengembangan atau harus menunggu untuk glibc versi 2.1.
Pilihan antara NIS yang tradisional dengan NIS yang ada pada library NYS tergantung pada pilihan apakah Anda memilih yang mudah dalam implementasi dan telah teruji atau Anda memilih yang fleksibel dan banyak hal-hal baru yang akan ditemui.
Pada NIS yang tradisional, programnya ditulis dengan menggunakan bahasa C yang standard dan sudah lama ada dan kadang-kadang sudah kadaluwarsa dan tidak fleksibel.
Anda perlu mengkompile ulang library libc milik Anda untuk menggabungkan kode-kode NIS yang berada pada library milik NYS. Sehingga nantinya library libc milik Anda, berisi kode-kode NIS milik NYS ( atau Anda telah mendapatkan hasil kompile nya dari orang lain).
Perbedaan lainnya adalah bahwa NIS yang tradisional memiliki dukungan pada Netgroups NIS, yang mana pada NYS belum ada pada saat ini. Tetapi NYS memungkinkan Anda untuk menangani Shadow Passwords. NIS yang tradisional, tidak mendukung Shadow Passwords.
Tetapi bila Anda menggunakan GNU C Library 2.x *aka libc) yang baru, maka library ini sudah mendukung NSS (name switch service), yang membuatnya fleksibel dan mendukung untuk pengaturan NIS/NIS+ berikut ini : aliases, ethers, group, hosts, netgroups, networks, protocols, publickey, passwd, rpc, services dan shadow.